بیت حکیم از سادات طباطبایى بوده و نسبشان به حضرت امام حسن مجتبى‌ علیه‌السلام بر‌‌مى‌گردد. بعد از هجرت از مدینه و حجاز به سمت عراق و کوفه رفته و در کوفه ماندگار شدند، البته به دلیل فشارى که بر شیعیان و علوى‌ها وارد مى‌شد، بعدها از کوفه پراکنده شدند و به سمت ایران آمدند. حدود 400 سال پیش، جدشان سید على حکیم دوباره به نجف‌اشرف برگشت. از این خاندان علما و فضلاى بزرگ نجف و کربلا پرورش یافتند و خاندان حکیم از مقربین و دوستان مرحوم آیةاللّه‌العظمى سید ‌محمد‌سعید حبوبى بوده و این خانواده در عراق، معروف به زهد، تقوا و فضیلت هستند در زمان صدام، ده‌ها نفر از خاندان حکیم، از پیر و جوان و حتى تعدادى از خانم‌ها به شهادت رسیدند. بیت حکیم، خانواده علمى بوده و پدران و اجدادشان از علماى معروف عراق محسوب مى‌شوند. مرحوم آیةاللّه سید محمد‌على حکیم نیز از سال‌هاى نوجوانى وارد حوزه شدند و مراحل علمى را یکى پس از دیگرى پشت سر گذاشتند و طبق رسم حوزوى، بعد از هر مرحله و رتبه‌اى که مى‌گذراندند، شروع به تدریس دروس گذشته مى‌نمودند؛ بنابراین شاگردان زیادى پرورش دادند که بسیارى از آن‌ها شهید و برخى دیگر از علماى شاخص کشورهاى اسلامى هستند.